Vì mỗi người chơi bắt đầu trò chơi chỉ với một Pokémon khởi đầu, thu phục là một trong những yếu tố cơ bản nhất của trò chơi Pokémon, và là một trong những cách chính để có thêm Pokémon mới vào đội của người chơi.

Khi chiến đấu với một Pokémon hoang dã, thay vì đánh bại nó, người chơi có thể chọn cách để thu phục nó bằng cách ném một trong nhiều loại Poké Ball khác nhau. Tỉ lệ thành công có thể biến đổi, nhưng được tăng lên nếu HP của Pokémon ở mức thấp, nếu mục tiêu bị nhiễm trạng thái như ngủ hoặc tê liệt, và nếu một Poké Ball mạnh hơn hoặc phù hợp hơn được sử dụng.

Nếu thu phục thành công, thông tin của Pokémon bị thu phục sẽ được thêm vào Pokédex, người chơi có thể cho Pokémon đó một nickname, và Pokémon đó được thêm vào đội của người chơi. Tuy nhiên, nếu đội của người chơi đã đủ 6 Pokémon, Pokémon bị thu phục sẽ được gửi về PC.

Có một vài Pokémon (hầu hết là huyền thoại) chỉ có thể lấy được thông qua các sự kiện đặc biệt trong game.

Poké Ball

Poké Ball (Monster Ball (モンスターボール, Monsutābōru) trong phiên bản tiếng Nhật gốc) là một thiết bị hình cầu được dùng bởi các Trainer để thu phục Pokémon hoang dã. Khi được va chạm, quả bóng sẽ hút Pokémon vào trong và tự động đóng lại. Pokémon hoang dã có thể kháng cự và thoát ra ngoài; tuy nhiên, Pokémon bị thương và có trạng thái xấu sẽ ít có khả năng kháng cự hơn và tỉ lệ thành công sẽ cao hơn. Pokémon huyền thoại sẽ kháng cự mạnh mẽ hơn nhiều, và sẽ đòi hỏi nhiều Poké Ball hơn hoặc Poké Ball mạnh hơn để bắt chúng. Nếu người chơi cố bắt một Pokémon của NPC, đối thủ sẽ chặn quả bóng lại để tránh việc bị trộm, nói rằng bắt một Pokémon đã thuộc quyền sỡ hữu là trái luật.

Như được miêu tả trong anime và manga, Poké Ball khi không hoạt động, sẽ thu nhỏ về kích cỡ một quả bóng golf, và khi nhấn nút ở giữa, sẽ phóng to đến kích cỡ một quả bóng chày. Pokémon ra ngoài bằng cách ném quả bóng; khi lấy lại một Pokémon vào quả bóng, một luồng sáng màu đỏ bao quanh Pokémon và thu hồi lại nó. Poké Ball được miêu tả rằng cực kì thoải mái cho Pokémon, tới mức nó sẽ tự nguyện đi vào quả bóng mà không cần sự khích lệ nào. Các Pokémon như Voltorb, Electrode, Foongus, và Amoonguss thường bị nhầm lẫn với Poké Ball, vì hình dáng và màu sắc của chúng khá k giống với những quả Poké Ball.

Có nhiều loại Poké Ball khác nhau. Được giới thiệu trong Pokémon Red và Blue, sắp xếp theo sức mạnh tăng dần là Poké Ball, Great Ball (Super Ball (スーパーボール, Sūpā Bōru) ở Nhật), Ultra Ball (Hyper Ball (ハイパーボール, Haipā Bōru) ở Nhật), và Master Ball (マスターボール, Masutā Bōru) - thứ có 100% khả năng thành công với bất kì Pokémon nào có thể bị thu phục, và chỉ tồn tại một quả trong trò chơi. Trong Pokémon Gold, Silver, Crystal, HeartGold và SoulSilver, có những quả trái cây được gọi là Apricorns, thứ khi được đưa cho Kurt ở thị trấn Azalea, sẽ được chế tạo thành một trong bảy loại Poké Ball đặc biệt, tùy vào màu sắc của Apricorn. Bảy loại Poké Ball Kurt có thể làm là Level (Đỏ), Moon (Vàng), Lure (Lam), Friend (Lục), Love (Hồng), Fast (Trắng), và Heavy (Đen). Bắt đầu từ Pokémon Ruby, Sapphire, và Emerald, nhiều loại bóng khác xuất hiện, như Timer Ball, thứ sẽ trở nên hiệu quả hơn khi số lượt trong trận đấu tăng lên, và Net Ball, thứ có cơ hội thành công cao hơn khi bắt Pokémon hệ nước hoặc bọ, và nhiều loại khác. Thêm vào đó, trong một vài game có tồn tại một nơi gọi là Safari Zone chỉ có thể dùng Safari Balls, những quả bóng này không thể dùng được ở nơi khác trong game. Một số Poké Ball khác là Heavy Ball (hữu hiệu khi bắt Pokémon có khối lượng lớn), Heal Ball (khôi phục máu và trạng thái cho Pokémon bị thu phục), Luxury Ball (giống với Friend Ball), Nest Ball (hữu hiệu khi bắt Pokémon có cấp độ thấp hơn Pokémon của người chơi), Repeat Ball (hữu hiệu khi bắt Pokémon bạn đã có trước đó), Lure Ball (hữu hiệu khi bắt Pokémon gặp được khi câu cá) và Dive Ball (hữu hiệu khi bắt Pokémon gặp được khi đang lặn). Cũng có một số loại Poké Ball đặc biệt khác (Cherish Ball và Premier Ball) chỉ có thể có được thông qua các sự kiện đặc biệt. Trong Pokémon Black Và White có thêm một loại mới là Dream Ball có 100% khả năng bắt thành công với bất kì Pokémon nào nhưng chỉ có thể hoạt động trong Entree Forest. Thêm một loại mới trong Pokémon Sun và Moon là Beast Ball có khả năng bắt cao với Ultra Beast nhưng lại cực kì thấp với những Pokemon khác được trao cho người chơi trong nhiệm vụ UB.

Pokédex

Pokédex (ポケモン図鑑, Pokémon Zukan, lit. "Pokémon Encyclopedia". Tiếng Việt: "Bách khoa toàn thư Pokémon"), là một thiết bị điện tử được thiết kế để lập danh mục và cung cấp thông tin liên quan đến các loài Pokémon khác nhau. Cái tên Pokédex là một từ ghép của Pokémon và index.[9] Trong các trò chơi, bất cứ khi nào Pokémon bị bắt lần đầu tiên, chiều cao, cân nặng, hệ loài và mô tả ngắn của Pokémon sẽ được thêm vào Pokédex của người chơi. Mỗi khu vực có Pokédex riêng, ngoại hình khác nhau, các loài Pokémon được phân loại và các chức năng như khả năng sắp xếp danh sách Pokémon dựa trên thứ tự chữ cái hoặc hiển thị kích thước của Pokémon so với nhân vật người chơi. "Pokédex quốc tế" cho phép Pokémon từ tất cả các khu vực được xếp vào mục lục. Ứng dụng Nintendo 3DS Pokédex 3D Pro có tất cả các Pokémon với tất cả các hình dạng của nó và mỗi hình dạng đều có hoạt hình riêng.